Kanal İstanbul Projesi, AKP içerisinde de tartışma yarattı.AKP'li yöneticilerin bir kısmı, Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan'ın "İstemeseniz de yapacağız" sözlerine tepki göstererek, Kanal İstanbul gibi bazı kritik konularda halkın ikna edilmesi görüşünde olduklarını belirtti ve referandumu gündeme getirdi.
Cumhuriyet'ten Emine Kaplan'ın haberine göre; “Kutuplaştırma siyaseti artık bir şey getirmiyor. Mesele çok iyi anlatılmalı ve halk ikna edilmeli. Bu projenin artıları ve eksileri tüm yönleriyle ortaya konmalı. Tüm itirazlara ve eleştirilere karşı ‘kesin yapılacak’ söylemi doğru değil” ifadeleri kullanıldı.Erdoğan'ın izlediği stratejiyi doğru bulmayan AKP'li isimler, şöyle devam etti:
'GEREKİRSE REFERANDUMA GİDİLSİN'"
Ben yaptım oldu’ politikasının artık bir getirisi yok. Kanal İstanbul gibi büyük projelerde tüm kesimler dinlenmeli, görüş ve eleştirileri dikkate alınmalı. Projenin doğru olduğu konusunda çoğunluk ikna edilmeli. İstişare mekanizmalarının genişletilmesi daha doğru olur. Gerekirse bu konuda referanduma gidilmesi bile düşünülebilir"